تم تحديد إختصاصات مكتب المراجعة الداخلية بموجب قرار السيد رئيس الهيئة رقم 42 لسنة 2017 والخاص بالتنظيم الداخلي للهيئة وفروعها
ويختص في ما يلي :
- التحقق من عمليات الصرف والتأكد من مدى مطابقتها للتشريعات والنظم المالية والمحاسبية.
- وفحص ومراجعة حسابات العهد والمخازن التابعة للهيئة.
- إعداد التقارير الدورية حول الصرف والإنفاق بالهيئة ،وبيان الملاحظات بشأنها.
- التأكد من مسك السجـــــــلات القانونيـــــة بالإدارة الماليـــــــــة.
- القيــــــام بالجـرد المفاجئ من حـين لأخــر التحقق مــــــن الإيــرادات وجبايتهـــا.
- أية تكليفات أخرى تسند إليـه بشأن الفحـص والتدقيـق من رئاسة الهيئة.