تم تحديد إختصاصات الإدارة العامة للنحقيق بموجب قرار السيد رئيس الهيئة رقم 42 لسنة 2017 والخاص بالتنظيم الداخلي للهيئة وفروعها
وتختص في ما يلي :
- التحقيق في المخالفات المالية والإدارية المحالة إليها والتصرف فيها وفقاً لأحكام القانون.
- مباشرة الدعوى التأديبية أمام المجلس التأديبي للمخالفات المالية.
- تلقي قرارات المجالس التأديبية ودراستها وإعداد المذكرات اللازمة بشأنها متضمنة رأيها بالطعن فيها من عدمه وأسباب ذلك وعرضها على رئيس الهيئة للاختصاص.
- إبداء الرأي فيمن يرشح وظيفة عليا بالدولة ،بناءً على تكليف من رئيس الهيئة.
- اتخاذ الإجراءات التنفيذية بشأن القرارات الصادرة عن مجالس التأديب ووضعها موضع التنفيذ.
- وتباشر الإدارة العامة للتحقيق مهامهـــــا مــــن خلال الأتــــــــــــي:-
- إدارة التحقيــــــــــــــــــــــــــــــــــــــق.
- إدارة شؤون التـــــــــــأديب والطعـــــــون.