تم تحديد إختصاصات الإدارة العامة للرقابة علي الوزارات بموجب قرار السيد رئيس الهيئة رقم 42 لسنة 2017 والخاص بالتنظيم الداخلي للهيئة وفروعها
وتختص في ما يلي :
- متابعة أداء الوزارات والقائمين عليها والعاملين بها والتأكد من أنهم يؤدون أعمالهم طبقاً لما تقضي به التشريعات النافذة، وإنهم يبتغون في ذلك المصلحة العامة والكشف عن أية جرائم ومخالفات تتعلق بواجبات وكرامة الوظيفة العامــــة.
- دراسة وفحص الشكاوى والبلاغات التي يتقدم بها أ ي من العاملين بتلك الوزارات أو غيرهم والمتعلقة بظلم وقع عليهم من رؤسائهم أو من غيرهم حول امتناع أو تقصير تلك الجهات في تقديم الخدمات لهم.
- متابعة ظاهرة التسيب الإداري والتصدي لها واتخاذ الإجراءات اللازمة بشأنها.
- مباشرة أعمال الرقابة على السفارات والقنصليات وفقاً للمادة (24) من القانون رقم (20) لسنة 2013م والخاص بإنشاء هيئة الرقابة الإدارية.
- إعداد خطط وبرامج المتابعة الخارجية بالتنسيق مع الإدارات العامة الرقابية المختصة.
- وتباشر الإدارة العامة مهامهـــــا مــــن خلال الأتــــــــــــي:-
- إدارة الرقابة على ديوان رئاسة الـوزراء.
- إدارة الرقابة علـــــــى الـــــــــوزارات.